长达五百年的教会和魔女的对立和几年前成立的和平。然而在这阴影之下，矛盾的残渣还残留在世界各地 。在维尼亚斯王国的魔法学校就学的被淘汰的学生赛比鲁，失去了上学前的记忆。这样的他，在阿尔巴斯校长的命令下，离开王国，踏入反魔女派势力强大的大陆南部进行特别实习。与他同行的是寻找魔法之始的 禁书零之书 来阅览的黎明之魔女洛?克里斯塔斯和秀才少女霍尔特，以及蜥蜴兽化者库多，他们都是有强烈个性的人。